肛瘘早期它的内口还有瘘管都比较简单，可以治好的机遇会比较高，另外肛瘘的手术的治疗会相对的简单，如果病情延误，简单肛瘘会发展成复杂性的肛瘘，位置可能会比较高，这样手术的治疗方式会很复杂。肛瘘的保守治疗是不容易好的，最终都要选择手术治疗的方法。
应保持肛门部清洁，久坐后应间断站起来走走，要保持大便通畅。平时饮食要清淡，不要吃一些辛辣刺激的食物，不要酗酒，熬夜和抽烟。避免粗糙干硬的粪便对伤口的刺激，减轻疼痛可多食一些高蛋白、富有营养的食物，如吃一些紫菜、海带等。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。
一般采取侧卧方式进行卧床休息，减少对切口的压力及挤压造成出血。卧床休息时间取决于伤口的恢复程度。合理的膳食安排术后一般以清淡饮食为主在术后的一个月内尽量避免食用辛辣刺激之品，以免刺激切口造成炎症反应。也要注意确保事物的干净卫生，避免因是要不洁的食物而造成腹泻，从而导致切口感染。
肛瘘治疗术后需注意系统常规的换药及护理。大便之后，要用中药坐浴，消毒液的清洗、冲洗；定期到医院换药；后期采用促进伤口生长的药膏，涂抹在创面上，使创面能够达到非常良好的愈合。