肛瘘的常见症状主要是间断性肛周肿痛及破溃流脓。间断性肛周肿痛，是由于肛瘘外口引流不畅或者暂时封闭以后，瘘道内存在感染，导致局部肿痛。当肿痛到达一定程度后，就会出现外口破裂，继而使脓液引流，病人的症状逐渐减轻。由于没有解决肛瘘的内口和窦道，会经常出现局部肿痛及破溃流脓。由于经常发作，有时候会出现外口引流不畅，这时局部感染以后可能向周围蔓延，会形成多条瘘管。
按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。
肛周脓肿。肛周脓肿自行溃破或切开引流后造成。肛门裂反复感染：肛门裂反复感染可并发皮下瘘。直肠肛门损伤：外伤、吞咽骨头、金属，肛门体温计，肛门镜检查等损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起。
伤口内有异物残留会导致伤口延期愈合或者不愈合，此外贫血、低蛋白血症以及营养不良的病人，也会出现伤口延期愈合的状况，病人可以补充高蛋白食品以及富含维生素类食物，不能进食的病人或者出现消化道瘘的患者可以选择静脉营养支持治疗。
术后主要是以清淡饮食为主，多吃蔬菜，鸡蛋羹跟藕粉为主。同时头一天排便，避免吸烟饮酒，辛辣食物等刺激，恢复期为四周左右的时间，需要天天换药，防止发生假愈合形成，排便后可以用药剂清晰，促进刀口的愈合。