肛瘘治疗术后需注意系统常规的换药及护理。大便之后，要用中药坐浴，消毒液的清洗、冲洗；定期到医院换药；后期采用促进伤口生长的药膏，涂抹在创面上，使创面能够达到非常良好的愈合。
一旦确诊肛瘘，没有保守的治疗方法，所谓的药物治疗，仅仅是能缓解肛瘘的症状并不能达到根治的目的。所以只有手术才能治愈肛瘘，少数肛瘘可行瘘道切除术后一期缝合或游离植皮。
肛瘘的主要临床治疗是手术。可以采用挂线疗法或瘘管切开术和瘘管切除术。术后应注意保持排便通畅，防止便秘。应该吃新鲜蔬菜和水果，而不是太辣太油腻的食物，并且需要更多的锻炼来提高身体的免疫力。
应保持肛门部清洁，久坐后应间断站起来走走，要保持大便通畅。平时饮食要清淡，不要吃一些辛辣刺激的食物，不要酗酒，熬夜和抽烟。避免粗糙干硬的粪便对伤口的刺激，减轻疼痛可多食一些高蛋白、富有营养的食物，如吃一些紫菜、海带等。
肛瘘手术之后，需要注意肛门周围的卫生，会经常有分泌物，注意不要便秘，不要闹肚子，饮食清淡一些，避免胃肠负担大形成便秘，也不要吃刺激性食物避免导致拉肚子，大便之后用湿巾擦一擦。