全身麻醉的副作用主要是抑制呼吸中枢，导致呼吸频率减慢，潮气量减少，分钟通气量减少，甚至呼吸停止。会抑制心肌收缩力，导致心率减慢，扩张外周血管，引起血压下降，严重的话可导致心肌缺血、脑缺血，引起心律失常、心肌梗死、脑梗死等。可抑制胃肠蠕动，导致胃肠胀气，术中或术后可有恶心呕吐以及便秘。
腹腔镜下的手术是要进行全麻的。
腹腔镜手术分为1级、2级、3级、4级等四个等级，越是高级的手术，风险、难度、范围就会越来越大。最基础的I型手术也是要全麻的，在术中要用CO2进行充气，还要用电凝钳、电刀等电刀，因为患者不能忍受疼痛，必须要打麻药，而且全麻可以确保术中的安全性。因此，在做腹腔镜手术的时候，必须要全麻。
全麻的副作用有反流与误吸，呼吸道梗阻，通气量不足，低氧血症，低血压，高血压，心律失常，高热、抽搐和惊厥等。如果术中出现的副作用，应及时采取相应措施来减少副作用的产生。
出现可逆性意识和痛觉暂时消失的状态。所以单纯的全身麻醉本身是不能对患儿产生危害的，但用于全麻的麻醉药是有一定副作用的，有些患儿在术后恢复期可出现反应迟钝、表情淡漠，这是因为术后恢复期的患儿血液中仍残留一定量的麻醉剂。
有些麻醉药品容易上瘾，所以很多年纪小的，他们一旦接受大手术，麻醉过后有可能会影响记忆力，记性会变得很差，全身麻醉后遗症还有可能使一些患者身体某些部位失去知觉，麻醉有时会产生意外，一旦造成损伤患者就会失去知觉。
儿童行全身麻醉对身体不会造成太大的影响，对于体质较差，肝肾功能不好，代谢缓慢，麻醉时间过长的，会造成一定的影响，表现为：全身麻醉药物有镇静和肌肉松弛药物，其中镇静药物可能会导致清醒以后精神状态的异常，比如淡漠，易激怒，失眠或者爱睡觉。而肌肉松弛药物可能会导致清醒以后全身无力，严重的可导致呼吸无力而出现呼吸衰竭，需要长期应用呼吸机治疗。
