全麻的副作用有反流与误吸，呼吸道梗阻，通气量不足，低氧血症，低血压，高血压，心律失常，高热、抽搐和惊厥等。如果术中出现的副作用，应及时采取相应措施来减少副作用的产生。
出现可逆性意识和痛觉暂时消失的状态。所以单纯的全身麻醉本身是不能对患儿产生危害的，但用于全麻的麻醉药是有一定副作用的，有些患儿在术后恢复期可出现反应迟钝、表情淡漠，这是因为术后恢复期的患儿血液中仍残留一定量的麻醉剂。
并指手术不一定全身麻醉。
十二岁以下的孩子做并指手术，需要全麻；如果是成人做并指手术，用臂丛神经阻断麻醉，同样也可以做。全麻是指病人在做手术时，处于睡眠状态，不会感觉到疼痛。如果采用臂丛麻醉，小孩不能配合，又会因为动作太过紧张，导致手术失败。在做手术的时候，麻醉师会站在病人的旁边，对病人进行麻醉，观察病人的各项指标。如果出现生命体征的变化，可以及时的对孩子进行治疗。如果是臂丛神经阻滞，还需要用镇静剂。
全身麻醉的副作用主要是抑制呼吸中枢，导致呼吸频率减慢，潮气量减少，分钟通气量减少，甚至呼吸停止。会抑制心肌收缩力，导致心率减慢，扩张外周血管，引起血压下降，严重的话可导致心肌缺血、脑缺血，引起心律失常、心肌梗死、脑梗死等。可抑制胃肠蠕动，导致胃肠胀气，术中或术后可有恶心呕吐以及便秘。
全身麻醉清醒的时间因人而异，每个人是不一样。一般手术后麻醉基本上就可以清醒。但也有极个别的人的时间比较长。如果生命体征平稳，麻醉就是不清醒也没有什么大的关系，无需过多的紧张，要配合医生，大夫会根据情况来处理。
大多数关节镜手术不需要进行全身麻醉，麻醉应根据关节镜手术的具体类型来确定。对于一些较小的关节镜手术，可以选择局部麻醉，麻醉越小恢复也就越快。而对于肩袖撕裂、肩关节脱位等类型的手术，建议进行全身麻醉，以免患者感到任何疼痛。对于肩关节、膝关节、髋关节、踝关节等部位的关节镜手术，可以进行局部麻醉，也可以根据患者要求进行全身麻醉。