会导致体内的激素水平紊乱，可能会出现失眠、精神、情志的改变，如抑郁症的发生。导致其在体内的蓄积，而发生过敏反应出现喉头水肿甚至威胁生命等。能使脑血管处于收缩状态，诱发中风病的出现。
黑素是一种激素，长期、大量、不按规范服用可能会导致内分泌失调；长期服用褪黑素可能会引起白天嗜睡、头痛、头晕等现象。极少数情况下会出现腹部不适、轻度焦虑、易怒、过敏、思维混乱和持续沮丧的情况。
服用褪黑素来缓解睡眠，不用过多担心副作用，只要按剂量服用，不会有什么问题。但是长期、过量服用褪黑素，有可能会使体内毒素沉积过多，会伤到大脑神经，出现神志不清、头晕、乏力等副作用。
褪黑素最主要的作用，还是调理睡眠，改善睡眠质量。现在上班人群压力过大，容易造成失眠的情况。这时候可以考虑服用褪黑素来缓解，不用担心副作用，只要按剂量服用，是不会有什么问题的。如果褪黑素服用过量，肯定是会产生一定副作用的。长时间服用，具有一定的毒性，长期过量服用褪黑素，可能会使自身体内毒素沉积过多，影响到自身生理功能的正常运转，还有可能会伤到大脑神经，使自身容易出现神志不清的问题。
服用褪黑素可以用于治疗失眠症。但是如果长期服用褪黑素，也可能会出现一些副作用，主要的副作用就包括女性导致不孕，男性可能会导致性欲减低，或者是出现一些头晕的症状。同时如果长期应用可能会产生一些依赖性。
褪黑素遵医嘱使用对肝脏一般没有损伤，但如果大量使用，可能会有损伤，具体分析如下：
褪黑素是一种由松果体分泌的吲哚类激素。第1条：睡觉前2个小时遵医嘱服用，不会产生肝毒性，也不会对肝脏有损害。但过量服用会导致反胃、嗜睡、眩晕等，还可能损伤肝脏，驾驶员及高处作业者须谨慎使用。褪黑素通过口腔和肝脏进行代谢，剩下的一小部分会通过血液循环，正常使用，无肝损害，安全。
