乙脑疫苗不良反应有发烧、头痛等。
接种乙脑疫苗后会出现发烧、头痛、头晕、乏力、寒战等全身症状，还有腹痛、腹泻、呕吐等胃肠道症状，一天之内就会自行消失。注射乙肝疫苗后可能会出现局部的不良反应，比如注射部位发红、肿胀、疼痛、皮温升高等，局部的副作用会持续几个小时。接种乙脑疫苗后，如果有副作用，应立即就医，如长期未缓解或加重，则应立即就医。
乙脑疫苗是预防流行性乙型脑炎的有效措施，对于乙脑疫苗注射以后出现的一些不良反应，如全身性的，发烧37—38摄氏度中间，伴随有腹泻，腹疼等，另外如果出现了反复注射的话不良反应的概率会高一点，所以注射以后要观察宝宝的反应，发现异常要及时就医。
乙脑疫苗比较安全，仅有少数小儿会出现不良反应。注射乙脑疫苗后可出现发热，还可出现头痛、头晕、乏力、寒战等全身症状，也可出现腹痛、腹泻、呕吐等胃肠道症状，一般在1天内可自然消退。注射乙肝疫苗后还可出现局部不良反应，如注射部位发红、肿胀、出现疼痛、皮温升高等，局部的不良反应一般持续数个小时。
乙脑疫苗是预防流行性乙型脑炎的有效措施。流行性乙型脑炎是由携带乙脑病毒的蚊子叮咬人后感染引起的脑实质病变。乙脑疫苗分为灭活疫苗和减毒活疫苗两类，也可出现红肿或皮疹现象，但大多症状较轻不需特殊处理，两天内可自行缓解，对个别出现严重过敏反应的，应及时采取针对措施。
乙脑疫苗出现不良反应不需要特殊处理，这些不良反应一般一两天都能够好的，体温超过38度5可以吃退热药，如果是有慢性病或过敏体质，就别接种这种疫苗。接种乙脑疫苗的不良反应，一般都比较少的。可以出现，注射部位的红肿热痛的不良反应。少部分人可能出现全身发热，周身皮疹之类的不良反应。
第1个是发热，乙脑疫苗接种后发热的概率还是蛮高的，大概在10%左右，一般多是中低热，持续2-3天；第2个是过敏，可以引起皮疹、瘙痒等第。3个是引起胃肠道症状，可以引起纳差、腹痛、腹胀、呕吐、腹泻；第4个可以引起类感冒样症状，包括鼻塞、流鼻涕、咽痛等症状。除此之外，乙脑疫苗还有一些罕见的不良反应，包括白细胞的减少、淋巴结的肿大、过敏性紫癜等。