预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
肛瘘术后可能复发。由于肛瘘的复发率很高，与术后护理不当或手术治疗不彻底有关。首先，应及时清洁患处，使用一些消炎药预防感染，养成良好的排便习惯，注意排便后及时清洁，补充高纤维含量的食物预防便秘。
肛瘘复发的问题，肛瘘手术在肛肠科是比较常见的，有复发率的，如果是低位的肛瘘，一般复发率比较低，复发的问题，一般是以病人病情严重与否为主，其次是医生的技术有关系，如果是技术好一点的医生，复发率就低一些，如果是技术差一点的，那复发率就相对于高一点。
肛瘘做完手术后只要合理护理，积极配合治疗大多数时候是不会复发的。另外术后的护理也要注意，尽量卧床休息，减少外出。不能吃辛辣刺激和油腻油炸的食物，要多吃清淡的食物。
低位复杂肛瘘疾病容易复发，所以要注意坐时要让肛门处于悬空状态，便后用水清洗肛部，可以在医院买个电动肛门护理包，里面有肛部清洁器帮助便后清洗，肛部药浴盆放在马桶上熏蒸坐浴，坐姿时用肛部支撑垫帮助悬空伤口，促进水肿消退。
