肛瘘手术后一般三周前后伤口就能够愈合了，但也因类型而异，有的病人可能需要更长一段恢复时间。病人在恢复期间要注意避免感染，每天坚持换药，注意营养，还有就是可以考虑在配合上中医来巩固治疗，这样可以加快恢复。
预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
肛瘘多吃蔬菜水果，如苹果、香蕉、梨等、冬瓜、丝瓜、绿豆、萝卜等加强肠蠕动而通利大便。宜食蜂蜜，每日清晨空腹服蜂蜜一杯，其有清热补中，润燥滑肠。忌食有刺激性的食物，如酒类，辣椒、大蒜等辛热之品。
术后的二十四小时之后，要将伤口里面的填充物取出来，按时服用抗生素。肛瘘术后四十八个小时之后促进排便。日常要适当地做肢体动作，可以增强体质，对伤口的恢复更加快速。
肛瘘手术要忌辛辣刺激，多食新鲜蔬菜水果，少食多餐。预防大便干燥，每天温水坐浴，注意局部的清洁卫生，消毒伤口预防感染。需要注意营养来改善，同时需要注意休息帮助改善。