自身免疫，本病为原因不明，慢性进行性胆汁淤积性肝病，可能与自身免疫有关。一般认为PBC是一种自身免疫性疾病，淋巴细胞被激活后，攻击中、小胆管，导致炎症反应。组织学上，颇似宿主对移植物的排斥反应，与肝脏同种移植的排斥反应有许多相似之处。
引起肝硬化的原因主要是乙肝、丙肝等病毒性肝炎和酒精肝、脂肪肝等，这几种疾病没有及时治疗或者治疗不规范时都会导致肝硬化，基本上能占到肝硬化发病的90%，除了病毒性肝炎和脂肪性酒精性肝炎之外，还有很多引发肝硬化的原因，只要肝脏发生持续性的破坏，就会导致肝硬化的发生。
原发性胆汁性肝硬化是很难的疾病，是一种慢性肝内胆汁淤积性疾病，属于自身免疫性疾病，临床常出现了全身乏力、皮肤瘙痒、眼睛干燥、腹水等症状，病情呈进行性，导致肝硬化肝功能衰竭本病是无特效药物治疗的，治疗的方法是采用肝移。
胆汁淤积性肝硬化是由于胆管结石或者肝管结石，引起了胆汁不能排泄，胆计淤积在肝脏部位，所以形成了肝硬化，需要尽早去治疗，清除肝胆部位的结石，这样就可以逐渐好转了。
分原发性胆汁性肝硬化和继发性胆汁性肝硬化，继发性胆汁性肝硬化常见的原因为胆管系统的阻塞，原发性胆汁性肝硬化目前病因不明。自身抗体与相应抗原可形成大的免疫复合物，通过补体系统引起免疫损伤。肝内外的大胆管均无明显病变，门管区小叶间胆管上皮可发生空泡变性及坏死并有淋巴细胞浸润，继而小胆管破坏并出现淤胆现象，纤维组织增生并侵入、分隔肝小叶，最终发展成肝硬化。
胆管系统的阻塞，如胆石、肿瘤（胰头癌、Vater壶腹癌）等对肝外胆道的压迫，引起狭窄及闭锁。因肝外胆道先天闭锁，其次是胆总管的囊肿、胆汁性肝硬化等。胆道系统完全闭塞6个月以上即可引起此型肝硬化。