先天性心脏病的治疗是一个多学科协作的过程，那么对于绝大多数先天性心脏病而言，外科手术是绝对适用的，也就是说外科手术适用绝大多数的先天性心脏病的外科治疗。那么外科治疗目前倾向于微创化，除了外科治疗以外，还有介入治疗。介入治疗主要适用于常见的病情相对简单的先天性心脏病，例如房间隔缺损，简单的部分肌部的室间隔缺损和动脉导管未闭，这些经过介入治疗能够获得很好的疗效。
治疗先天性心脏病主要是通过手术的方法来进行治疗，但是取决于先天性心脏畸形的范围及程度。如果是简单轻微的畸形，如缺损直径小，则对血流动力学无明显影响，可以终身不需任何治疗。严重的先天性心脏病，在出生后手术治疗。
先天性心脏病可以通过使用药物、进行手术等方式进行治疗。
1.使用药物：对于先天性心脏病，患者可以在医生的指导下使用呋塞米、地高辛等药物进行治疗。治疗期间，患者应当多休息，不要进行过于剧烈的运动。
2.进行手术：先天性心脏病患者在必要时，还可以在医生的指导下通过室间隔缺损封堵术、先天性心脏病纠治术等手术的方式进行治疗。
先天性心脏病的治疗方案，取决于先天性心脏病的类型，以及发现先天性心脏病的年龄。
如果有房间隔缺损，或者是室间缺损不严重，可以采用封堵器进行微创介入。这个过程相对来说很容易，而且成功率也很高。如果是动脉导管没有闭，可以选择适当的封堵器进行，这样的话，手术的结果也会比较好，而且是比较保险的。对于复杂的房缺、室缺，无法采用封堵伞法进行处理，必须进行开胸术。此时的病人，危险性更高，而且术后的治疗，远不如封闭。至于法洛四联症、法洛三联症、肺动脉等复杂的心血管病，大部分都是通过心外科来解决的。
治疗主要是施行外科手术纠正畸形。手术宜在学龄前进行。病情严重的需在婴儿期施行，病变轻者可不必手术，而采用内科治疗，包括防治心力衰竭、感染性心内膜炎、肺部感染等并发症。先天性心脏病儿通过内科治疗或外科手术治疗后，一般都可正常生长。
先天性心脏病可以通过手术治疗来改善。
先天性心脏疾病可以通过介入手术和外科手术来进行。对于一些小型的房间隔缺损、卵圆孔未闭、动脉导管未闭、膜部室缺等，均可以进行介入手术，并置入封堵装置进行治疗。但如果是比较严重的心脏病，例如室间缺损、法洛四联症、法洛三联症、主干血管移位、单心室等，都是无法用介入手术来解决的。