并不是每一种先天性心脏病都是越早治疗越好。有一些先天性心脏病有自愈的可能，比如小的室间隔缺损，并不影响孩子的正常生长发育，若没有肺动脉高压，两岁以内还有20%30%的自愈机会，就不必提早手术，毕竟手术年龄越小风险越大。卵圆孔未闭也不必惊慌，90%可以自然闭合，甚至终生不闭合也对心脏没有影响。有一些先天性心脏病是应该早治疗的，预后有很大区别。如合并重度肺动脉高压的室间隔缺损应尽早手术。
先天性心脏病可以通过使用药物、进行手术等方式进行治疗。
1.使用药物：对于先天性心脏病，患者可以在医生的指导下使用呋塞米、地高辛等药物进行治疗。治疗期间，患者应当多休息，不要进行过于剧烈的运动。
2.进行手术：先天性心脏病患者在必要时，还可以在医生的指导下通过室间隔缺损封堵术、先天性心脏病纠治术等手术的方式进行治疗。
先天性心脏病的治疗方案，取决于先天性心脏病的类型，以及发现先天性心脏病的年龄。
如果有房间隔缺损，或者是室间缺损不严重，可以采用封堵器进行微创介入。这个过程相对来说很容易，而且成功率也很高。如果是动脉导管没有闭，可以选择适当的封堵器进行，这样的话，手术的结果也会比较好，而且是比较保险的。对于复杂的房缺、室缺，无法采用封堵伞法进行处理，必须进行开胸术。此时的病人，危险性更高，而且术后的治疗，远不如封闭。至于法洛四联症、法洛三联症、肺动脉等复杂的心血管病，大部分都是通过心外科来解决的。
先天性心脏病是有可能会治疗恢复的。对于房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭以及肺动脉狭窄的经过治疗以后与正常的孩子是没有太大区别的。但是对于一些复杂性的先天性心脏病可能会留有一定的后遗症。
治疗先天性心脏病主要是通过手术的方法来进行治疗，但是取决于先天性心脏畸形的范围及程度。如果是简单轻微的畸形，如缺损直径小，则对血流动力学无明显影响，可以终身不需任何治疗。严重的先天性心脏病，在出生后手术治疗。
胎儿先天性心脏病的治疗方式主要取决于先天性心脏病的类型。
可选择介入治疗，这主要是根据完备的机器设备和优化的专业技术操纵病症。但微创技术多只是针对主动脉狭窄，动脉导管未闭的畸型少年儿童。因为选择介入治疗时病发症偏少，即便不选择开胸医治，也能够及时修复。现阶段传统式开胸手术与消融手术紧密结合，右胸口开2到3cm小口，再放入消息推送器，具备防空隙的作用。
