有的是由于甲状腺发育不全，包括甲状腺缺失和异位，最常见的原因就是甲状腺激素生成的障碍，甲状腺素的补充，通常给予压碎的片剂，甲状腺溶液还有这种激素提取物。
新生儿早期发现有先天甲减，在治疗得当的情况下，一般是不严重的。
先天性甲状腺机能减退是一种较为普遍、较为严重的病症。因为这是一种智力障碍性病变，初期并没有什么特别的征兆，但是一旦有了这种病症，就无法逆转了。新生儿先天甲减可以通过药物治疗，让其恢复到原来的水平，但很难根治。先天性甲减一般都是由甲状腺的先天缺失、先天性甲状腺容积缩小等原因引起的，因此先天性甲减一般都是终生服用左甲状腺素钠。
甲减是指甲状腺功能减退，一般情况下，妊娠期甲状腺功能减退和非妊娠的诊治都是一样的，只不过在妊娠期间甲状腺功能减退的治疗中，使用的是甲状腺激素的替代性药物。这就要求在短期之内矫正甲亢的症状，并将其降至正常值。妊娠甲状腺功能减退的治疗方式是以左甲状腺激素钠片为基础，通过监控其体内的甲状腺激素含量，短期内将其恢复到原来的状态。
同时要在内分泌科的医生的建议下适当的调节甲状腺激素的用量。可以防止妊娠期间出现甲状腺功能减退，从而对孕妇和胎儿造成严重的负面作用。
先天性甲减者可育，先天性甲减患者95%的人出生后看不到症状，因此若许多宝宝都伴随着反应迟钝、皮肤干燥等症状，不良的吸吮力和困倦的表现，要谨防有无先天性甲状腺功能减退症。
先天性甲状腺功能减退症是一种罕见疾病，主要表现为甲状腺体积增大或者出现结节和钙化等特征，并且这种病变容易被误诊为其他慢性炎症或肿瘤。可采用采足根血和静脉取血的方法，对甲状腺功能进行测试，检查婴儿有无先天性甲状腺功能减退症。如果确诊为先天性甲状腺功能减退症则应该及时进行手术切除甲状旁腺或者摘除双侧卵巢。患先天性甲减者，如不治，将严重影响病人智力和体格发育。
因此，必须及早尽早地进行处理，使病人甲状腺功能在正常值内，控制后甲减，对生育没有影响。
在新生儿和婴幼儿时期，大部分患儿没有明显的临床表现，有的表现为轻度的黄疸，有的会表现为黄疸加重、黄疸消失推迟、睡眠减少、哭闹、纳呆、吮吸能力弱、皮肤有斑点、脸型肿胀、胸围增大、便秘、腹胀、脐疝、心跳减慢、心音低沉等。中枢性甲减伴有其它的垂体促荷尔蒙失调时，会出现低度的葡萄糖、小的、隐睾、面中线的畸形，例如：唇裂、腭裂、视神经等。
甲减的病人由于甲状腺激素合成分泌的减少，所以我们的血液循环中只有少量的甲状腺激素可以作用于我们的身体的其他器官，从而引起这些器官的变化。甲减的病人很容易出现粘液性水肿，如果是在浆膜腔，比如我们的胸腔，那么就有可能出现胸腔积液。甲减的胸腔积液有哪些特征，首先要了解胸腔积液的定义，首先要区别出是否有渗漏和渗出液，这两种情况的区别对治疗非常重要，甲减的胸腔积液属于典型的漏泄液体，不是单纯的炎症，而是由全身的代谢性疾病引起的。其实质是由于粘液性水肿导致了渗出液的变化，导致了胸腔积液的出现，因此，胸腔积液的颜色要清澈，不含任何的炎症细胞，也不存在肿瘤，而是清澈，蛋白质含量低，密度小。