EB病毒感染目前尚无特效治疗，疾病大多能自愈，治疗为支持性的。抗病毒药物可以抑制EB病毒复制，但有研究认为无效。激素仅在有贫血、血小板减少等情况下应用。疾病大多能自愈。平时养成良好的个人卫生习惯。不要口对口喂饲婴儿。预防接种EB病毒疫苗。
EB病毒感染治疗方式主要就是对症的使用一些抗病毒的药物治疗，还有一些病毒感染之后，大多都能够自行治好的，然后在身体内形成抗体。再有一点是需要注意的，eb病毒通过实践表明和鼻咽部的恶性肿瘤有直接的关系，所以说如果以病毒感染检查呈阳性的，还需要做鼻咽部的检查，排除是不是有占位性的病变，尤其是有家族遗传病史的。
病毒感染导致的疣可以选择药物治疗、物理治疗。
病毒疣是一种传染病毒，主要有扁平疣、尖锐湿疣等，可能是有性生，或者间接与患者的衣物、坐便器等接触造成的。可以在医生的指导下使用重组人干扰素2b凝胶、咪喹莫特乳膏等药物治疗，针对皮肤损害较为严重的患者，可通过冷冻、激光等方法进行物理治疗。
病毒感染的疣体可以通过多种途径进行治疗，具体分析如下：
第一种是物理治疗，可以采用冷冻、激光、电烧灼、刮除等方式进行治疗，如果是大的，可以进行外科手术。第二种是外用药物，包括有腐蚀性的药物。可以用冰醋酸、鬼臼毒素、甲醛等药物，让疣体坏死、脱落。还可以口服咪喹莫特霜、氟尿嘧啶软膏、干扰素凝胶等抗病毒药物。
病毒感染肺炎一般需要及时的抗病毒治疗。被诊断为病毒性肺炎时，应在医师的指导下积极应用抗病毒药物，如利巴韦林，更昔洛韦，奥司他韦，阿糖腺苷，金刚烷胺等，同时伴有细菌感染时，应及时给予抗生素。如果咳嗽咳痰，可以口服止咳化痰的药物进行治疗，高热可以口服布洛芬、对乙酰氨基酚等退烧药物。在日常生活中要多休息，保持室内的通风，同时要多吃富含维生素和蛋白质的食物。
一般没有治疗病毒感染性疣的最好方法，有效的方法主要是药物或者是物理治疗。
病毒感染性疣通常为人乳头瘤病毒感染所致，其临床可分为许多类型，如寻常疣，跖疣，扁平疣，尖锐湿疣，传染性软疣等。寻常疣、跖疣等主要采用冷冻或激光去除，扁平疣通常外涂药物。传染性软疣需夹去疣体内部软疣小体才能根治，尖锐湿疣则需采用冷冻，激光，手术或光动力等疗法。