细菌或病毒存于病人或带菌者的呼吸道中，随着咳嗽，打喷嚏或大声说话喷出的飞沫，漂浮在空气里，一旦健康人吸入了，就有患病的可能，有呼吸道传播的疾病有肺结核，肺炎，流行性脑膜炎，百日咳，麻疹等。
比较早期出现的免疫应答是一些多功能细胞因子的释放。宿主细胞在刺激作用下可以一直病毒的入侵和复制。体液免疫可以通过呈递非己的病毒蛋白片段刺激B细胞分化产生抗体，防止病毒侵入细胞。通过Tc细胞杀死寄居病毒的体细胞，使病毒没有生存依赖。巨噬细胞可以通过ADCC作用清除病毒。
病毒和细菌它们两个是没有办法进行比较的，大部分的病毒和细菌因为存在的数量和形式问题并不会直接致病。细菌它都是具有细胞结构的，它的遗传物质分散在细胞质内一个相对固定的区域内，称为核区。而病毒的构造是很简单的，外面是一层蛋白质，称为病毒外壳。
细菌跟病毒的区别，像感冒或者发热会看是细菌性感冒还是病毒性感冒。细菌性感冒，查白细胞，白细胞、中性粒细胞都会偏高，而且用抗生素是明显有效的。如果是病毒性感冒或者是发热，病毒有普通的病毒感冒或者是流行性病毒。病毒一般查白细胞，可以偏高也可以正常，淋巴细胞偏高。
细菌和病毒最大的区别在于病原的不同，前者是细菌，后者是病毒，只要有足够的病原学检测，就可以进行血液培养，痰培养，CR等检测。
而在临床上，一般不能通过病因来判断病因，一般是因为细菌引起的发烧会出现畏寒、寒战等表现，而如果是病毒引起的发烧，一般不会出现以上的表现。另外，血液常规中嗜酸性白细胞增高，而病毒感染主要表现为淋巴细胞增高。可出现CT或CR增高的细菌感染。
小孩细菌感染和病毒感染区别在临床反应、血液化验、治疗方式不同。
1.临床表现：细菌感染的全身中毒症状比较重，宝宝表现为比较嗜睡、不爱动，出现高烧、食欲明显下降等表现。病毒感染的全身症状比较轻，宝宝的精神状态与平时差不多，比较活泼、爱玩，食欲基本不受影响；
2.血液化验：细菌感染的宝宝，血常规中白细胞、中性粒细胞、C反应蛋白明显高于正常值。病毒感染的宝宝血常规中白细胞、中性粒细胞、C反应蛋白基本正常，但淋巴细胞比例比较高；
3.治疗：细菌感染通常需要应用抗菌素进行治疗，如果不进行及时治疗，感染难以控制。病毒感染通常不需要进行特殊治疗，常呈现自限性过程，一般经过3-5天能够自然缓解。
