手足口病毒侵入血液，从而随着血液蔓延至全身，继续复制，引起炎症，主要表现为皮疹，阵发性咳嗽，流清水鼻涕等症状，有的也表现为发热的症状，口腔有溃疡，流口水，孩子哭闹不安，饮食差，应用抗感染抗病毒药物后，病情好转的时候，首先是体温正常，然后疹子逐渐消退，最后疹子慢慢消失。
手足口病患者的口唇附近有散状疱疹或者溃疡，会导致口腔粘膜瘙痒、疼痛，从而影响到吃饭。大部分轻微的患者，身上的疱疹不会感觉到疼痛和瘙痒，通常会在一周后慢慢消退，形成硬皮。
但也有少部分重症手足口病的病人，在感染后会很快发作，全身都会出现大量的疱疹，有的还会形成大片的疱疹，一旦疱疹破裂，就会导致溃疡、溃烂，周围的组织也会变得肿胀、发炎。此时的手足口病疱疹除了会瘙痒外，还会出现一些疼痛的症状。
手足口疾病是由各种肠道病毒感染造成的。口腔疱疹或溃疡是由手足口病导致的，一般会出现瘙痒的情况。手、足、臀部等身体其他部位的斑丘疹或疱疹不会感觉到疼痛和瘙痒。斑丘疹会慢慢的从红色变成黑色，然后慢慢的褪去，形成一个圆形的凸出，里面有液体，会慢慢的消失，不会留下任何的伤疤。但是也有一些肠道病毒会导致手足口病的严重程度，从而导致大量的疱疹破裂，从而导致继发性感染。
疱疹，一般包括水痘、带状疱疹等，水痘和带状疱疹的疱疹内，液体比较多。手足口病皮疹，是先出现红色丘疹，主要发生在手、足、臀、腿、口腔内。红色丘疹，可以发展成为疱疹，疱疹内液体比较少，进一步发展成溃疡。
单纯疱疹与手足口病的区别可通过感染的病毒类型、水疱分布、表现及病人症状识别。如Ⅰ型单纯疱疹由疱疹病毒感染引发，仅头面和口唇部有小水疱，水疱疱壁薄且易破裂糜烂，易复发，病人极少发热。
一般情况下，疱疹性咽峡炎与手足口病区别主要有症状不同、发病部位不同等。
1.疱疹性咽峡炎：主要是由上呼吸道的急性炎症引起的，也可以是单个的，突然的高烧可以达到40度，伴有咽痛、食欲差、不吃东西等症状，在悬雍垂、软腭、咽腭弓区都会出现几个或几十个灰色的小疱疹。另外，也可能是在口腔的其它地方，疱疹破溃就会形成溃疡。
2.手足口病：症状为低热、咽痛、食欲差、口唇上有散在的疱疹和溃疡，手足、手臂、腿、臀部等部位会有皮疹，个别儿童会有严重的全身症状。
