衣原体还可引起女性宫颈炎、子宫内膜炎、输卵管炎、阴道炎等妇科炎症，导致病患处水肿、糜烂、黏连、分泌物增多等症状。还可导致女性生殖器附近出现性病淋巴肉芽肿症状。
衣原体感染后，女性患者主要表现为尿道炎和（或）生殖道衣原体感染。
衣原体尿道炎的致病菌以沙眼衣原体为主，是一种非淋球菌性尿道炎，临床上可见尿频、尿急、尿痛、排尿困难等症状。
生殖道衣原体感染，以外阴和阴道瘙痒为主症，阴道有不正常分泌物和气味、下腹部不舒服等，严重的会导致女性盆腔炎、输卵管炎等疾病。
衣原体感染时，大部分病人没有什么不适，个别病人局部会出现轻微的瘙痒刺痛。
衣原体感染的呼吸道症状和支原体肺炎颇类似，表现为症状轻微，发热畏寒、非胸膜炎胸痛、头痛不适，疲乏无力。出现咽喉炎的症状有咽喉痛，吞咽困难，声音嘶哑等。
衣原体感染出现于尿道内，可有不舒服的尿道表现，可有溢尿、分泌物从尿道流出、尿道阻塞等，排尿不畅或者出现排尿困难等表现。
女性衣原体感染可能有尿频、尿急、尿痛等症状。
如果是尿频、尿急、尿痛、尿道口或阴道口的发红色、阴道分泌增多、发黄或粘稠的分泌物、有臭味或脓性分泌物等。在反复感染后，检查衣原体和支原体培养结果显示，只有很少一部分女性会出现不育症状。如果出现了衣原体，需要进行及时的治疗，未痊愈前不能同房，避免出现交叉感染或者是复发。
女性衣原体感染有微的瘙痒和刺痛症状。
绝大部分的病人在感染后没有明显的不适，只有很少的病人会出现轻微的瘙痒和刺痛。衣原体在呼吸道中的症状与支原体肺炎类似，症状较轻，发热，寒战，非胸膜炎症性胸痛，头痛和疲倦。咽喉痛、吞咽困难、声音嘶哑是咽喉炎症的主要症状。如果是尿路上的衣原体感染，会有尿路上的不适，比如会有溢尿，会有尿液从尿路中排出来，导致尿路阻塞，导致排尿不顺畅或者是排尿困难。
女性衣原体感染可能会出现咳嗽、咳痰、灼烧痛等症状。
衣原体有很多种，如衣原体，肺炎衣原体，鹦鹉热衣原体等。女性感染了沙眼衣原体，可能会出现沙眼、眼部炎症、咳嗽、呼吸异常、性病淋巴肉芽肿（会阴部、肝门、直肠炎症）等症状。肺炎衣原体还可引起呼吸道感染，如咳嗽、咽痛、发热等。