支原体和衣原体都属于原核微生物，主要粘附在呼吸道或泌尿生殖道的上皮细胞表面的受体上。支原体和衣原体种类很多，其中肺炎支原体和肺炎衣原体感染后可导致肺部及上呼吸道感染，可引起肺炎、咽炎、支气管炎等呼吸道炎症，会出现咳嗽症状。肺炎支原体和肺炎衣原体感染后起病缓慢，可引起阵发性刺激性咳嗽并伴有粘稠痰液，可转为顽固性剧烈咳嗽并伴有胸口疼痛。
支原体感染和病毒细菌感染是一样的，红霉素类的药物对于支原体感染效果是最好的，所以一般都选择这类药物，中医治疗支原体感染和治疗细菌病毒是一样的。主要以清热解毒化痰，还有调节免疫力为主。
孩子咳嗽可以使用蒲地蓝消炎口服液、四季抗病毒合剂等治疗。儿童咳嗽可能是因为感冒病毒引起的上呼吸道感染。首先要给宝宝吃一些抗病毒的药，如：蒲地蓝消炎口服液、四季抗病毒合剂、阿昔洛韦等。可以口服小儿清宣止咳颗粒，肺力咳合剂，复方鲜竹沥液等。服用完药后，如果孩子的咳嗽不能得到改善，可以到医院做一下血常规，看是否有白细胞增高。
治疗咳嗽，首先要找到引起咳嗽的病因。常见引起咳嗽的原因有感冒、支气管炎、肺炎、过敏性鼻炎、支气管哮喘、支气管扩张、肺结核、肺癌、吸入花粉和尘螨、胃食道反流、尿毒症肺浸润、肝脓肿、隔下脓肿影响胸膜及肺部等。需要到医院做相关检查，明确诊断后进行对症治疗。
感冒后经常咳嗽通常是患有肺炎或者支气管炎等。要先考虑是不是支气管炎，肺炎，需要进行胸部X线检查来排除肺部感染，如果不是肺炎，可能是支气管炎、咽炎，可以服用止咳糖浆，甘草片。患者若存在咳嗽变异性哮喘，被病毒感染所诱发，就需要明确诊断，可以加用复方甲氧那明改善症状。如果诊断明确，还需要加用孟鲁司特来进行治疗。平时要多饮水，要注意保暖，不要食用辛辣刺激性的食物。