乙肝的病毒携带者，如满足了干扰素的抗病毒治疗，应主动应用干扰素进行抗病毒治疗，但也有其不足之处，例如肝硬化失代偿期肝功能不好的患者，以及引起自身免疫有关的病症，例如甲状腺炎，自身免疫性的肝炎等。
干扰素的抗菌疗法有很大的优势，最大的优势就是可以停止使用。对于一些乙肝表面抗原呈阴性，但表面抗原含量偏低的患者，可以通过转阴来完成乙肝表面抗原的转阴，从而使乙肝病毒转阴，这个几率在30%以上，并且在转移后可以停止服用，周期比服用的护肝类的药物要快一些，大约需要一年的时间。
干扰素治疗乙肝优势在于是有限疗程的，可能用一年半，一年到一年半的时间可以停药，而且随时停药以后不会出现病毒的反弹，停药以后半年左右的时间，会有一个后效应，如果适应打干扰素，还是会给干扰素治疗，副反应也是比较明显的，首先干扰素有一个问题就是，有效率不一定那么高，30%左右患者有效，再一个就是副反应，也是比较明显的，主要是有类流感应症状。
使用干扰素抗病毒治疗，可以取得比较好的效果。甚至有一小部分可能会出现乙肝表面抗原的消失、乙肝表面抗体的产生，但此类人群比较少。对于慢性乙肝来说，干扰素的使用指征需要严格控制，一般需要优选人群，且在治疗过程中需要密切监测干扰素的不良反应。
干扰素在治疗乙肝方面的作用，主要是通过和靶细胞表面的干扰素受体结合，阻止病毒蛋白质合成，从而抑制乙肝病毒复制，发挥抗病毒的作用。干扰素还具有多重免疫调理作用。因此，干扰素在治疗乙肝方面起着非常重要的作用。
乙肝患者打干扰素的副作用最常见的是发热及流感样综合征，患者体重减轻、脱发、情绪激动，骨髓抑制致血细胞、血小板减少，轻度贫血，偶可发生神经系统损伤，影响内分泌系统功能，亦有产生干扰素抗体者。
干扰素分普通干扰素和长效干扰素。普通干扰素大概每支50元-100元，一年大概9000元-20000元。进口干扰素大概1000元-2000元每支，乙肝在使用干扰素抗病毒期间，要处理好各种不良反应，包括必要时减量，对症处理或中止治疗等。