指甲真菌感染大多不能自愈，患者应积极治疗。
皮肤癣菌侵犯甲板及甲下所引起甲病变，俗称“灰指甲”。甲癣的病程缓慢，如果不进行治疗，可终身不愈，所以患者大多不能自愈。建议患者在医生的指导下使用阿莫罗芬、环吡酮胺、特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等抗真菌药物进行治疗，能够有效改善病情。
指甲真菌感染可内服药物，单纯服用抗真菌药物，如灰黄霉素、氟康唑、斯皮仁诺等药物均有一定疗效，并且方便，但因为这类药物必须达到真菌所寄生的甲板处，才能发挥抗菌作用。患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
一般指甲出现真菌感染，可见于灰指甲。可以使用灰指甲的药物治疗。也可以到正规医院皮肤科就诊，在医生指导下进行治疗。另外注意是否有脚气，如果有脚气也需要同时治疗。平时还要注意衣服鞋袜的卫生，防止出现影响。注意不要接触猫狗等动物。
灰指甲多由红色毛癣菌、须毛癣菌、念珠菌等真菌感染引起。
当真菌进入指（趾）甲下方并开始繁殖时，会导致指（趾）甲增厚、变脆、变色（常见的是灰褐色或黄色）以及失去光泽。在某些情况下，感染还会导致指（趾）甲形状改变，变得不规则。如果不及时治疗，灰指甲可能会进一步发展，出现甲沟炎、甲床炎、嵌甲等并发症，引起疼痛和其他不适症状。
治疗灰指甲的方法主要采取局部外用抗真菌药物以及口服抗真菌药物，绝大多数患者可外用亮甲复方聚维酮碘搽剂这类外用抗真菌药，来达到杀灭真菌、抑制真菌再生的目的，改善灰指甲的症状。若病情较为严重，则可与特比萘芬等口服抗真菌药联合治疗，联合用药后的效果会比较显著。
手指和脚趾的大拇指甲真菌感染，就是常说的灰指甲，这个疾病治疗比较缓慢，使用抗真菌的药物进行治疗，至少口服半年，期间每月一次查肝功能。其指甲真菌感染，至少口服药物治疗3个月。
