衣原体的病人大部分会出现子宫感染的情况，或是得肺炎、支气管炎、胃肠炎、脑脊髓炎、结膜炎以及关节炎。在临床表现上，而且根据感染的部位不同，表现也不同。如果是肺炎衣原体感染，可以表现为咽痛、声嘶、流涕、发热、咳嗽，而且咳嗽是以刺激性干咳为主，容易合并胸腔积液。如果是眼睛有衣原体感染，即沙眼衣原体感染，可以出现流泪，眼睑出现脓性的分泌物，结膜充血。
心房颤动可导致心悸，即感到心跳紊乱，心跳节律明显加快，并伴有严重的疲劳。头晕也是心房颤动的一个重要症状。可使胸部感觉不适，有的表现出胸部有压迫感，或胸痛感觉不舒服，呼吸变短，有的甚至在做轻度体力活动时，甚至在休息时可能会感到明显的呼吸困难，也可能不会有任何症状。
宝宝抽动症可能会出现发生性抽动和运动性抽动。
1、发生性抽动：发生性抽动指呼吸肌、咽肌、喉肌、口腔肌和鼻肌的痉挛，会发出简单的“哦”、“哇”、“啊”等声响，还可以出现清嗓、咳嗽、吸鼻、吐痰、犬吠等声响，以及与周围环境格格不入的反复说一些没有意义的话，或者莫名其妙的咒骂。
2、运动性抽动：手指、面部、颈部、躯干、四肢的肌肉不受控制的快速收缩，主要表现为眨眼、皱额、撇嘴、缩鼻、伸舌、张嘴、摇头、伸脖子、耸肩、挺胸等动作。抽动症发生并发秽语症的可能性高达30%，严重者还会出现模仿、重复、强迫、猥亵等动作。
衣原体肺炎发病比较急骤，初期以发热，头痛为主，呼吸道典型症状可有咳嗽，湿啰音等，并有活动后呼吸困难，咽喉部肿胀疼痛，同时伴有捻发音，恶心和呕吐。
还有部分患者以咽炎症状出现，1~3周左右即可发展成肺炎或支气管炎等症，咳嗽加剧，并伴有可能引起肺外感染，如中耳炎、关节炎，还可合并甲状腺炎及其他疾病。
性衣原体感染可见全身、呼吸道、尿道不适症状。
肺炎衣原体感染会导致急性呼吸道感染和发热、持续咳嗽，咽喉疼痛、声音嘶哑的表现。衣原体所致泌尿生殖系统感染，会导致男性尿道炎，以尿道刺痒、刺痛、灼热感、尿道分泌物多为特征。
有以上症状的患者，建议到医院就诊并及时处理。
肺炎衣原体感染通常有发热、咳嗽、头痛等症状。
衣原体是临床上比较常见的致病微生物，可能累及呼吸道，进而诱发肺炎，出现发热、寒战、肌痛、咳嗽、头痛、胸痛等症状，肺部通常可闻及湿性罗音。
感染后可遵医嘱使用头孢菌素、四环素等药物，以促使局部炎症消退。
