中医活性物质治疗肾囊肿的关键是，阻断因受囊肿压迫而启动的肾脏纤维化的恶化链，阻断因压迫而导致肾脏缺氧，肾脏损伤的恶性循环，以确保残存肾脏不再受压迫，保护肾功能。
中医治疗肾囊肿的方法主要以微化中药渗透疗法，使囊内液体不断减少，直至不分泌。还可以采用囊肿去顶减压手术治疗，手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，延缓疾病的发展。生活中注意不吃过咸，过辣，刺激的食物。
肾囊肿的中医治疗方法有采用药物的方法治疗肾囊肿，还经常运用针刺的方法。采用具有清热解毒，活血效果的药物，每次3～4穴，依据证之虚实而采用补泻手法，留针20～30分钟，或用灸法，2组穴位交替进行。
中药治疗没有效果。肾囊肿主要是由于先天发育形成的良性肿瘤，对身体不会造成不良影响，如果直径不超过五公分，也没有腰酸腰痛等不适症状的话，一般不需要特殊治疗，注意休息，避免劳累，定期复查，如果生长速度快，直径超过五公分或出现腰酸腰痛等压迫症状的话，可以考虑手术切除。
肾囊肿可以由很多原因引起，先天遗传因素是肾囊肿最常见的原因之一，基因突变也是引起肾囊肿的发病原因之一，各种中毒对肾脏的损伤，例如常见的毒物有农药、化学制剂、放射线、污染等都会引起肾囊肿。具体原因可以到医院进行检查。