肾积水的手术治疗应早期进行。合理的应用整形手术，纠正肾盂输尿管连接部异常，争取肾功能的较大恢复。肾积水严重，肾功能破坏十分严重，而对侧肾正常者，可作积水肾切除术。侧肾积水严重，一侧较轻，可先治疗严重的一侧。以免发生肾功能不全，手术成功后可为对侧手术时增加安全性。
小儿轻度肾积水可以不采取外科手术，通过服用药物治疗。
肾积水通常是尿道堵塞，并伴有肾组织萎缩。泌尿系梗阻可见于泌尿系的任何一处，可能是一侧或两侧。堵塞的程度可以是完全的，也可以是不完整的，如果持续一段时间就会出现肾积水，要排除梗阻的原因，这样病情就会好转，但是在日常生活中要注意避免进食过多的流质食物，否则会导致尿液排出。
可采用保守治疗，服用一些活血通络、除湿、抗毒类的药物来进行缓解这种症状；肾切除术，肾积水严重，剩余的肾实质过少，或伴有严重感染即肾积脓时，如对侧肾功能良好，可切除病肾。
最好是做激光体外碎石术，通过激光将结石击碎后，顺着输尿管排出体外，是最微创最有效的一种碎石方式，目前药物排斥的可能性已经不大，届时造成的身体水比较严重，双侧都已经出现了最好的办法是解决梗阻，减轻肾积水的情况。如果体外碎石还是达不到效果，可以通过微创介入的方式做输尿管弹道碎石基本就可以将结石彻底击碎了。
U100钕激光碎石，它通过仪器发出红绿两种波长的脉冲激光，精准定位结石后，安全高效地击碎结石，取石篮自动跟进取石并冲洗，该激光发出的是非灼热性的波段，只针对结石有击碎效果，从而最大程度的护了结石周围的细胞和其它软组织；经皮肾镜取石术，是通过经皮肾穿刺造瘘所创建的通道，经X线荧光透视监控，在内腔肾镜直视下借助碎石和取石器械达到去除结石，解除梗阻的一种技术和治疗手段。
