乙脑灭活疫苗副作用有局部出现红肿、疼痛，1-2天内消退。少数有发热，一般均在38℃以下。少数有头晕、头痛、不适等自觉症状。偶有皮疹，血管性水肿和过敏性休克发生率随接种次数增多而增加。
乙脑灭活疫苗与减毒疫苗有很大的不同之处，就是因为乙脑灭活疫苗是由死病毒制作而成，副作用比较小，要经过多次的注射，才能在婴儿体内产生抗体。
反复的注射会使婴儿的疼痛和副作用的发生率提高。乙脑减毒疫苗是一种活疫苗，有一定的免疫排斥作用，副作用比较大，但是免疫效果好，接种次数少，对孩子的危害小，更容易为父母所接受。所以，乙脑减毒疫苗优于减毒疫苗。
乙脑灭活疫苗和减毒疫苗的主要区别在于，乙脑灭活疫苗是死病毒制成的疫苗，不良反应发较少，需要进行多次注射后，才能在宝宝体内形成抗体。多次接种又增加了宝宝的痛苦以及不良反应的发生率。而乙脑减毒疫苗属于活疫苗，存在一定的接种排斥，不良反应相对较明显，但是接种效果好，接种次数少，对宝宝的伤害减少，容易被家长接受。因此，乙脑减毒疫苗要比减毒疫苗好一些。
当然是灭活疫苗好，灭活疫苗是病毒失去活性的疫苗，没有任何传染性，接种安全，而减毒疫苗是经过人式培养，毒性减低的疫苗，有些人接种后会有发病的危险。两种疫苗的抗原性是相同的，产生的抗体也一样。
乙脑疫苗分为灭活疫苗和减毒活疫苗两类。灭活疫苗，少数人可能出现一过性发热反应，也可出现红肿或皮疹现象，但大多症状较轻不需特殊处理，两天内可自行缓解，对个别出现严重过敏反应的，应及时采取针对措施。减毒活疫苗注射后一般无反应，少数人局部红肿，偶有发热或过敏性皮疹，一般不需特殊处理。
乙脑炎的症状通常是反应速度变慢、记忆力见图等。
乙型脑炎病毒可能会导致乙型脑炎的发生，通常会影响到中枢神经。乙型脑炎的临床症状通常取决于病变的位置和病变的范围。如果是额叶，颞叶病灶发生病变，通常会有精神上的不正常的情况，患者的反应也比较慢。如果是额叶、顶叶、颞叶的病变，可能会导致癫痫的发生。也有部分患者出现海马体受累的情况，可能会导致认知能力的减退，出现记忆力减退，计算能力下降的现象，时间和空间定向力也会受到影响，甚至会出现偏侧肢体的活动不灵活，偏侧肢体的麻木等症状。