乙脑疫苗分为灭活疫苗和减毒活疫苗两类。灭活疫苗，少数人可能出现一过性发热反应，也可出现红肿或皮疹现象，但大多症状较轻不需特殊处理，两天内可自行缓解，对个别出现严重过敏反应的，应及时采取针对措施。减毒活疫苗注射后一般无反应，少数人局部红肿，偶有发热或过敏性皮疹，一般不需特殊处理。
局部反应和轻度的全身症状。大多数人接种无反应，仅个别儿童注射后，局部出现红肿、疼痛，一到两天内消退。少有发热，一般均在三十八度以下。少数有头晕、头痛、不适等自觉症状。偶有皮疹，血管性水肿和过敏性休克发生率随接种次数增多而增加。不良反应发生率还是比较低的。
乙脑疫苗包括乙脑减毒活疫苗和乙脑灭活疫苗两种，两种疫苗的接种时间是有区别的。首先是乙脑灭活疫苗是国家规定基础免疫共注射两针，出生后满6个月的婴儿，开始接种第一针，7到10天后接种第二针，一岁半到两岁左右，以及四岁的时候，各加强一针，六岁的时候再加强一针。其次是乙脑减毒活疫苗是1岁的时候接种第一针，2岁时加强免疫一针，7岁时再加强免疫一针。
一般情况下，注射乙脑疫苗后会出现恶心、发热、肿块、局部微红等症状。有一些婴儿在24小时之内就会发烧，但是如果体温在38.5℃以上，就可以使用退烧剂了。如果体温在38.5摄氏度以下，可以选择物理降温，也可以贴退热贴。回到家里要给孩子多饮水，这样可以降温，加快身体的新陈代谢，防止发烧，家长应注意观察孩子的反应，如有不适，及时就诊。
乙脑疫苗不良反应有发烧、头痛等。
接种乙脑疫苗后会出现发烧、头痛、头晕、乏力、寒战等全身症状，还有腹痛、腹泻、呕吐等胃肠道症状，一天之内就会自行消失。注射乙肝疫苗后可能会出现局部的不良反应，比如注射部位发红、肿胀、疼痛、皮温升高等，局部的副作用会持续几个小时。接种乙脑疫苗后，如果有副作用，应立即就医，如长期未缓解或加重，则应立即就医。
孩子打完乙脑疫苗后发烧一般不会超过三天,乙脑疫苗作为外源性的致热源,可以引起机体发热,这种发热一般大部分孩子都是低热,很少有高热的,持续时间不超过三天,大部分孩子在一天左右。另外，乙脑疫苗接种后的不良反应还包括注射局部红肿、疼痛以及食欲不振、胃肠不适等消化道症状，一般持续3天左右就会自动消失。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。