巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
巧克力囊肿是因为子宫内膜异位到卵巢而形成的，一般怀孕是有困难的，现在已经怀孕，如果可以，还是留下比较好。但是如果本身囊肿较大，孕期也有可能会因为受到压迫而发生扭转、破裂甚至恶变，要按时检测彩超和终究标志物。
如果卵巢巧克力囊肿较大，会导致子宫压力，影响子宫生长，导致孕妇流产或早产现象。容易难产：过度囊肿，压迫子宫和胎儿，导致胎儿畸形，影响正常分娩，分娩困难。囊肿本身不影响胎儿，但如囊肿引起并发症，或恶性肿瘤的发生，所以在对胎儿的治疗中有影响，甚至不得不放弃妊娠。
孩子可以要，怀孕以后受体内激素影响，囊肿有继续长大的可能，适当休息，不要进行剧烈活动，加强营养，不要吃辛辣刺激性食物，不要吃垃圾食品，不要吃烧烤食物和霉变食物，精神放松，定期复查，密切关注宝宝，发育情况正常就不用担心了。
如果巧克力囊肿手术后需要半年后才可以怀孕的，如果怀孕是不容易再复发囊肿了。也不需要给孩子打防疫针，建议生活规律，营养均衡，饮食合理，睡眠充足，放松心情，注意休息，巧克力囊肿手术后需要半年后才可以怀孕。
会有影响。巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症，卵巢是子宫内膜异位症比较常见的累及部位。子宫内膜异位症的典型表现就是继发性痛经并且渐进性加重，可以导致不孕症，比较大的囊肿需要手术治疗。
