巧克力囊肿是因为子宫内膜异位到卵巢而形成的，一般怀孕是有困难的，现在已经怀孕，如果可以，还是留下比较好。但是如果本身囊肿较大，孕期也有可能会因为受到压迫而发生扭转、破裂甚至恶变，要按时检测彩超和终究标志物。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
伴随有巧克力囊肿，同时怀孕的情况下，怀孕对这种巧克力囊肿有抑制卵巢囊肿增大的趋势的可能性。所以如果想要继续保留这种胚胎，在怀孕期间记住要定期复查B超，来了解卵巢巧克力囊肿的情况。
巧克力囊肿需要大约半个月的时间来恢复怀孕前的身体，并且疾病会在怀孕后恢复正常。手术后准备的妊娠越早，妊娠的可能性就越高。经过一段时间后，疾病复发了。此外，这种疾病的复发率很高。随着时间的推移，怀孕的能力会逐渐下降，手术后是最容易的时期。
带着巧克力囊肿怀孕应该注意安全，已经怀孕的情况可能会出现腹痛等不适的情况多，应该注意安全，如果怀孕期间出现囊肿破裂等风险是比较大的，注意计算预产期等，不影响孩子的发育的。
孕期巧囊不需要处理，但有破裂的风险，孕期需要减少剧烈运动，避免腹部受到挤压撞击，出现剧烈腹痛及时就医。分娩方式取决于产力、产道、胎儿和孕妇的心理状态，与是否有巧囊没有关系，一般不会因为有巧囊做剖宫产。最后用什么方式分娩，还是要在足月以后听产科医生的意见。