巧克力囊肿的病人一经诊断，建议尽快手术治疗。手术治疗之后可以考虑应用药物治疗，对于预防短期内复发可能有一定的帮助作用。还可以选用激素药，对于预防巧克力囊肿术后短期复发也是有帮助作用的。
巧克力囊肿不复发主要有两种办法。第一种办法就是做手术，将病灶全部切除。这种办法几乎是不可行的，因为手术将巧克力囊肿切除的太彻底，容易对卵巢造成太大的破坏，引起卵巢的衰退。第二，人工闭经。在临床当中主要是选用激素类药物，比如米非司酮或者是醋酸亮丙瑞林等药物。
尽快怀孕，怀孕后对巧囊有一定的治疗作用，可以彩超监测卵泡，在医生指导下同房，同房后抬高臀部，以提高受孕的几率。经期避免剧烈运动，避免受凉，避免熬夜，注意经期卫生，少吃辛辣油腻生冷刺激的食物。
女性病人有巧克力囊肿，经常出现痛经。可以治好病后再备孕。囊肿较小可以采取保守治疗的方式，常用药物治疗，如果药物治疗不是很理想，可以手术治疗比较好一些。治疗期间注意放松精神，多注意休息。不要熬夜，注意局部的卫生。
克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。适当多吃一些优质蛋白质、B族维生素、叶酸、铁、钙等营养物质，如鸡蛋、猪肝、牛奶、豆类及其制品、新鲜蔬菜、蘑菇、木耳、海带、紫菜、鱼类等。
需要三个月左右才能治好。巧克力囊肿是子宫囊肿的一种，属于良性病变，会伴随有增生、转移、复发等情况的出现，而且会造成痛经、月经失调等，因此建议还是及早治疗比较好，需要服药三个月左右进行巩固治疗，另外需要随时复查。
