巧克力囊肿的病人一经诊断，建议尽快手术治疗。手术治疗之后可以考虑应用药物治疗，对于预防短期内复发可能有一定的帮助作用。还可以选用激素药，对于预防巧克力囊肿术后短期复发也是有帮助作用的。
女性病人有巧克力囊肿，经常出现痛经。可以治好病后再备孕。囊肿较小可以采取保守治疗的方式，常用药物治疗，如果药物治疗不是很理想，可以手术治疗比较好一些。治疗期间注意放松精神，多注意休息。不要熬夜，注意局部的卫生。
巧克力囊肿不复发主要有两种办法。第一种办法就是做手术，将病灶全部切除。这种办法几乎是不可行的，因为手术将巧克力囊肿切除的太彻底，容易对卵巢造成太大的破坏，引起卵巢的衰退。第二，人工闭经。在临床当中主要是选用激素类药物，比如米非司酮或者是醋酸亮丙瑞林等药物。
尽快怀孕，怀孕后对巧囊有一定的治疗作用，可以彩超监测卵泡，在医生指导下同房，同房后抬高臀部，以提高受孕的几率。经期避免剧烈运动，避免受凉，避免熬夜，注意经期卫生，少吃辛辣油腻生冷刺激的食物。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
重视个人的饮食，不要吃寒凉性的食物，否则会导致腹痛症状越来越严重，多吃一些清淡容易消化的食物。注意个人的生活习惯，不要做重体力劳动，要根据实际的症状选择合适的治疗方法，定期到医院里面去复查。
