副作用有突破性出血，阴道点状出血，体重增加或减少，乳房肿胀，恶心，头晕，头痛，倦怠感，发热，失眠，过敏伴或不伴瘙痒的皮疹，黑斑病，黄褐斑，阻塞性黄疸，肝功能异常等。发胖是比较少见的副作用，短期服用黄体酮是不会发胖的。
怀孕打黄体酮针对胎儿没有发现副作用，对母体的副作用是肌肉注射针剂，时间长了会减慢吸收，注射局部可能会出现疼痛、有硬结的情况，在疼痛部位上热敷可以促进吸收，减少疼痛。
该药的副作用包括以下几方面，首先长期注射黄体酮可能会引起胎儿畸形，例如造成女性胎儿男性化或者增加脊柱裂的风险，其次打黄体酮可能会造成水钠潴留，引起孕妇体重增加，组织水肿。然后打黄体酮可能会引起患者头晕以及恶心呕吐，主要是由于黄体酮有舒张颅脑血管以及刺激胃肠道的作用。
黄体酮具有妊娠荷尔蒙的功效。它的主要功效是在月经来潮的晚期，能够促进子宫内膜的分泌，有利于受精蛋的着床。同时也可以降低怀孕期间的子宫收缩，降低胎儿的流产几率。黄体激素主要用于月经失调、功能性子宫出血、闭经、黄体功能不足、先兆流产、习惯性流产等。黄体酮是一种激素，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
患者打闭经针之后考虑最常见的副作用就是使得患者卵巢功能逐渐衰退，因此体内的激素水平和内分泌水平就会引起紊乱。最常见的不适症状就是会引起月经不调，导致患者患者出现不规则的月经出血，甚至还会出现月经量增多以及痛经等症状。同时部分患者也会引起多囊卵巢综合症，子宫内膜异位症的妇科疾病，建议患者尽量不要去注射闭经针。
注射黄体酮，短期内会出现偶尔的恶心，呕吐，头痛等。如果长期饮用可能会引起胃肠道症状，同时可引起过敏，痤疮或者是月经紊乱。如果不是由于黄体功能不足的情况下，一般都催不来月经。
