卵巢巧克力囊肿破裂后一定要及时进行治疗，一般有手术治疗和药物治疗。如果置之不理可产生严重影响，可影响月经或者生育。平时作息时间要规律，饮食上要注意清淡，不要吃辛辣刺激行的食物，注意外阴部位的卫生，勤换洗内裤，平时多注意休息。
通常巧克力囊肿大于五公分以上时，由于剧烈的活动，或者同房等原因，就可能会引起巧克力囊肿破裂，这时就会引起剧烈的下腹部疼痛。所以就必须赶紧去医院急诊就诊，然后行腹腔镜微创手术，或者直接行开腹手术，将破裂的巧囊切除，而且还要将盆腔内的巧囊液完全清洗干净。
因为本身巧克力囊肿是因为子宫内膜异位引发的。如果没有来月经，一般不会加重病情的。用药是否有效，只有检查B超观察，囊肿是否增长只有观察无法预测，复查B超观察。忌辛辣。
及时去正规的医院做进一步的检查，然后根据检查结果，尽快选择合理的方法手术治疗。如果病情发现的比较早，治疗的比较及时，相信病情也是可以缓解的，在治疗过程当中，病人一定要把心情放松，思想上不要有什么压力。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
巧克力囊肿是子宫内膜移位至卵巢，影响卵细胞发育而发生不育症。治疗的原则是消除焦点、减轻疼痛、促进生育、减少复发。卵巢囊肿是相对较大的，可以超导介入治疗卵巢囊肿。达到治疗疾病和根源。