卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一类，卵巢巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。当囊腔内积血过多、压力过高时，可撑破囊壁薄弱部卵巢巧克力囊肿分，发生囊肿自发性破裂，囊内流出部分积血，压力降低后，囊壁破口常可自行复合。确诊为巧克力囊肿，一定要及时治疗。以免错过治疗时机。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，应该来说去当地医院检查下，在医生的嘱托下，进行积极治疗，服药期间不吃辛辣刺激的食物，平时多喝水，温水清洗外阴，保持局部清洁，内裤开水消毒，不要有性生活。
可采用药物或（和）手术治疗。术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病妥当的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。
可以采用手术的治疗方法，对于散在的比较小的宫颈腺囊肿一般不需治疗，只要每年检查即可。对于密集的较小的纳氏囊肿或比较大的囊肿，可考虑光疗、激光、微波、自凝刀等物理治疗。对于较大的突出于宫颈表面的，可考虑电刀切除治疗。
轻微巧克力囊肿治疗要2千元-3千元，费用不确定，因为治疗卵巢巧克力囊肿的治疗费用一定程度上不同的病情不同，采用的治疗方法也不同，需要看不同地区的医院、级别规定的不一样，费用也不一样。
轻微巧克力囊肿吃药是治疗不了的。一般都会进行性增大。最终基本都需要手术，有生育要求的，必须尽早完成。手术后需要注意定期复查，巧克力囊肿有复发的可能。同时如果没有怀孕应该尽快怀孕的。