临床上治疗巧克力囊肿是要根据的年龄、囊肿的大小程度、有无生育要求等因素综合考虑后，再采取药物或者保守手术以及性手术来进行治疗。普通治疗住院一周。如果腹部开刀切除，休息时间大概两周左右，完全恢复要两个月。如果是做腹腔镜，完全恢复只要一个月的时间就足够了。
巧克力囊肿术后饮食，没有什么明显的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶均可以食用。但是对于比较特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂王浆，尽量减少食用或者是不食用。
手术并不能完全去除所有病灶，有些微小的是看不到的，所以确实具有复发的风险，巧克力囊肿实质上是一种子宫内膜异位症，药物治疗效果欠佳，对于生育需求的病人还是首选有实力有经验的大医院微创手术治疗。
这种病情一般的轻度的可以用药物治疗，可以用中西医结合治疗，中医治疗疏肝理气，活血化瘀治疗，严重的需要手术治疗。饮食要清淡，保持平衡，多吃新鲜的水果蔬菜。不要熬夜，劳累。进行适当的身体锻炼。
治疗方法主要采用药物、手术治疗、激素疗法。中医可以通过中药调理，帮助卵巢恢复正常的排卵，达到正常的受孕。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，治疗期间饮食要清淡，不要吃辛辣刺激食物。
巧克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。可以去专业正规的医院进行检查和治疗。日常饮食应以清淡食物为主，多食有营养的食物，如鸡蛋、豆腐、瘦肉等。忌食生、冷和刺激性的食物。
