巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢形成的，是没有什么分类的，随着月经来潮，囊肿会越来越大，主要表现为经期腹痛。巧克力囊肿容易引起盆腔粘连，输卵管粘连，甚至影响怀孕。
||型巧囊可能是种植于卵巢表面的异位灶侵犯到原已存在的功能性囊肿如黄体囊肿等形成的。这种巧囊通常较大，囊壁也比较清楚，剥离起来比较容易；|型巧囊（通常小于2cm）是由逆流的经血碎片种植于卵巢表面形成的，很象腹膜上的病灶。这种小巧囊通常没有明显的囊壁，反而不容易剥除。
跟肥胖，压力大，休息不好，内分泌紊乱等方面有关，有性激素水平异常，排卵障碍，月经紊乱等症状表现。女性月经期一定要杜绝性生活。要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止一切激烈体育运动及重体力劳动。随时调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。要去正规医院进行治疗，不要耽误治疗时期。
巧克力囊肿的类型有，高雄激素血症，稀发排卵和B超提示多囊卵巢，高雄激素血症，稀发排卵，但B超提示卵巢正常，高雄激素血症，B超提示卵巢多囊，稀发排卵，B超提示多囊卵巢，但无高雄激素血症。
生理因素性生活频繁内分泌因素多次流产，压力过大，输卵管阻塞等原因，另外和个人的体质也有关系的，巧克力囊肿如果不及时治疗，随着囊肿生长速度过快，就会增加女性不孕，流产等一些风险。
巢巧克力囊肿考虑可能是由于剖腹产手术、人工流产和宫腹腔镜操作引起。一般卵巢巧克力囊肿会导致进行性加重的痛经，而且可能会出现不孕，在同房的时候，还会出现深部的性交痛。如果卵巢巧克力囊肿破裂，那会引起突发性的剧烈腹痛，而且还会伴有恶心、呕吐和肛门坠胀等表现。