巧克力囊肿在临床上最主要的症状会出现经期下腹部疼痛，并且疼痛呈逐渐加重的趋势，表现为月经不规律、月经量的改变。临床上还会出现反复的下腹部疼痛。由于巧克力囊肿不仅可以引起卵巢局部的变化，还可能会导致盆腔组织粘连，会引起下腹部疼痛，这种疼痛常常是在月经期或者性生活的时候疼痛加重，对于卵巢巧克力囊肿，临床上一旦发现建议尽快给予手术治疗。
巧克力囊肿彩超有子宫脱落不良的特征，巧克力囊肿会出现小腹肿胀，浑身无力，精神不佳，食欲不振等特征，有可能是遗传引起的一种疾病，当外界因素不良的时候也会引起巧克力囊肿，日常生活中要少去一些潮湿阴冷的环境活动，少去一些有化学物的环境活动。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
一般所说的生理囊肿多指，黄体囊肿，或者黄素囊肿，或者滤泡囊肿，多为女性一个月的生理变化过程，由生理变化所引起的，例如黄体囊肿，则是在排卵后，黄体峰值期，因黄体素持续分泌，从而形成潴留囊肿，但随着月经的来潮，下次月经的开始，黄体峰值期的衰退而消失或者缩小。
巧克力囊肿食疗禁食辛辣生冷刺激，增加营养，多吃瘦肉，鸡蛋，牛奶，海产品等优质蛋白，多吃蔬菜水果，多吃豆制食品，适当活动，避免剧烈运动，注意手术后一个月禁忌性生活，每晚温水冲洗外阴，保持外阴清洁干燥，有不适及时去医院检查。
性交疼痛，当存在于阴道穹窿部异位子宫内膜，或卵巢粘连在盆底时候，都可能产生性交疼痛。巧克力囊肿患有不孕，大多是因为病变造成盆腔粘连、输卵管堵塞卵泡发育不好或排卵障碍等因素引起的。