发生巧克力囊肿主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产可引起输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。也可能和压力过大等因素有关。
如果巧克力囊肿术后卵巢显示不清，有可能是膀胱充盈度欠佳或是肠胀气导致的，如果没有不适，可以先催经等月经干净以后，去医院检查激素6项和在月经的中期检查卵泡的发育情况，看是否能正常排卵。建议平时不要熬夜，养成良好的生活习惯，适当锻炼，增强体质，肥胖，适当减肥，过度肥胖对卵巢功能是有影响的。
克力囊肿的本质是子宫内膜异位症，子宫内膜本来是应该只存在于子宫内，子宫内膜具有根据体内激素水平的变化周期性增殖、脱落而形成月经。但是因为某些原因，现在医学目前还不清楚，子宫内膜出现在别的地方，例如卵巢。出现在其他地方的子宫内膜也和处于子宫内的子宫内膜一样，具有周期性增殖、脱落的规律。要去正规医院进行治疗，不要耽误治疗时期。
造成巧克力囊肿的原因是，房事过多：卵巢巧克力囊肿大多和体内雌激素分泌过高有关。内分泌因素：是造成卵巢巧克力囊肿的主要病因，卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，卵巢巧克力囊肿多发于内分泌旺盛的生育年龄。
种植学说，化生学说和上皮由来学说。常见的有经血逆流，医源性种植，淋巴传播和血管播散等，因为还有免疫学说。只要表现是痛经，而且还会进行性加重，另外还有性交痛，不孕或者月经失调等症状。
是由于子宫内膜侵犯卵巢，种植在卵巢上，经过生长形成囊肿。这种异位的子宫内膜也受雌激素、孕激素的影响，随同月经周期反复增生、分泌、剥脱出血。由于血无法排出，久而久之，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，由于水分被吸收所以粘稠如糊状，似巧克力，所以形象地称之为巧克力囊肿。