卵巢发育不全的原因有：垂体问题：导致排卵异常的常见疾病，包括垂体泌乳素瘤、高泌乳素血症、及席汉综合征等，高泌乳素水平可抑制排卵。此外，下丘脑性不排卵原发性器质性因素、原发的功能性因素、继发性器质性病变、继发性功能性因素也可导致卵巢发育不全。
一般情况下，小儿先天性卵巢发育不全又叫特纳综合症，特纳综合症是一种性染色体病，这可能是父亲的精子或者母亲卵子发育异常，导致孩子体内只有一条X染色体引起的。如果小儿患有特纳综合症，可能会出现青春期不发育、原发性闭经、身材矮小等情况。临床上，对于特纳综合症的治疗，一般可以使用雌激素进行治疗。如果小儿患有特纳综合症，家长应及时带其去医院就诊，在医生指导下进行治疗，以免给身体带来更多不良的影响。
化学因素。有些女性在工作跟化学试剂打交道，这些化学试剂通过皮肤、呼吸进入人体体内，导致了染色体的异常。还有一点就是如今的女性素颜都不敢上街，要对自己的脸进行化妆，有些质量不好的化妆品里面含有大量的汞等重金属，长期使用残留在人体内。
卵巢发育不良，一般是先天性卵巢发育不良，是一种常见的性发育出现异常的疾病，一般主要与染色体异常还是有一定的关系的，同时自身免疫性疾病，遗传疾病等也有可能引起的，治疗的主要目的是刺激乳房以及生殖器发育，一般西医治疗需要做性激素六项，染色体，彩超等全面检查，确定原因。
先天性卵巢发育不全多半是因为遗传因素，也有可能是因为化学原因，在日常的生活中很有可能会接触各种各样的化学物质，有些是天然的产物，也有些是人工合成的，他们都会通过饮食或者是呼吸来接触到进入人们的身体，导致卵巢发育不全。
