痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。还有不孕及月经失调。
巧克力囊肿的症状有月经量增多、痛经、有血块。会出现经期下腹部疼痛且疼痛逐渐加剧。手术治疗是比较好的治疗方式，药物可以抑制病情，不能彻底的治好，对于巧克力囊肿，应该考虑手术，治疗时要谨遵医嘱，根据个人的身体情况，制定专门的治疗方案。
卵巢巧克力囊肿，是子宫内膜异位症的一种，症状表现为，痛经、性生活时疼痛、突发性的剧烈腹痛，并往往伴有肌紧张、反跳痛等腹膜刺激症状。还有不怀孕及月经失调等症状。盆壁相粘连的囊性肿块，活动度差，往往有轻度触痛。
巧克力囊肿在临床上很多都会导致进行性加重的痛经，并且在做妇科检查的时候会发现下腹部一侧有包块，B超检查会发现卵巢上的囊肿，并且有人会表现为性生活的时候下腹部疼痛。在日常生活中，也会出现下腹部隐痛的情况。在临床上还常常造成病人不孕不育的临床表现。
如果治疗好以后，就和正常人一样了。巧克力囊肿可在宫腔镜的窥视下看到子宫内膜样组织，由于这种囊肿内潴留的陈旧血瘀如巧克力糊状的颜色，故称为“巧克力囊肿”。虽然这种病初期只见有小型囊肿。
临床表现主要有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重，性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。