选择使用物理疗法来进行治疗宫颈囊肿，传统的物理疗法包括冷冻、激光、微波等，根据自身的情况，可以在医生的指导下选择治疗的方法。除了传统的物理疗法，也可以选择使用微创疗法进行治疗。在使用物理疗法治疗疾病时，也可以选择使用药物进行辅助。
宫颈囊肿在怀孕早期要注意休息，加强营养，定期进行产前检查，如果囊肿生长速度较快可以在四个月左右进行手术治疗。怀孕期间有宫颈囊肿的话，不用过于担心，不会影响胎儿的，目前怀孕了，一定要加强营养，注意休息，不能熬夜，定期做孕期检查。
宫颈囊肿一般可以通过手术进行治疗。
宫颈囊肿是一种生理上的改变，当鳞状上皮代替柱状上皮时，会有新的鳞状上皮覆盖住子宫颈腺管，堵塞腺管，造成腺体分泌物的排泄。
子宫颈囊肿的发生是由于子宫颈局部的损伤，或是由于长期的炎症，引起的腺管口狭窄。浅表的宫颈囊肿是在宫颈表面突出的，如果是深层的宫颈囊肿，那么在宫颈表面上看不出任何的异常，就会出现宫颈的肥大。子宫颈囊肿一般是不需要治疗的。
宫颈纳氏囊肿一般小而分散，可突出于子宫颈表面，小的仅有小米粒大，大的可达玉米粒大。对于散在的比较小的宫颈腺囊肿一般不需治疗，只要每年检查即可。对于密集的较小的纳氏囊肿或比较大的囊肿，可考虑光疗、激光、微波、自凝刀等物理治疗。对于较大的突出于宫颈表面的，可考虑电刀切除治疗。
宫颈囊肿可通过以下方法治疗：
宫颈囊肿是慢性宫颈炎的一种表现，患者多表现为在宫颈表面突出多个大小不一的青白色囊泡，内含黏液。根据囊肿严重程度的不同，选择的治疗方式也会有所不同，比如患者是轻度的囊肿，并且没有任何临床症状，这种情况一般是不需要进行特殊治疗的。但如果患者的囊肿较为严重，则需要考虑进行手术切除的方式来治疗。
初期宫颈囊肿可以采取药物疗法。宫颈囊肿同宫颈糜烂、宫颈息肉一样，是慢性宫颈炎的一种表现。平时要注意锻炼身体，适当注意营养卫生，保障身心健康；实行计划生育，采取避孕措施，尽量避免多次人流对宫颈的机械性损伤。