卵巢囊肿有良性、恶性、交界性之分。良性囊肿如滤泡囊肿大都在5厘米以下3厘米左右，此时应观察三个月，若两个月左右的时间内滤泡囊肿缩小或未增大，那么过一段时间后囊肿便会自行消失，但若囊肿继续增大(大于5厘米)就必须手术治疗了。
卵巢囊肿分和病理性，生理性的可随生理周期的变化可以自然消失。由于疾病生成的病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。有囊肿时先要检查确定为生理还是病理性，再做处理。病理性的卵巢囊肿做微创手术，术后两周就可以恢复了，若是做开腹手术，需要休息一个月才可以恢复。
卵巢囊肿不好治疗，卵巢囊肿有良性、恶性、交界性之分，不是所有的囊肿都需要手术治疗。良性囊肿如滤泡囊肿大都在5厘米以下3厘米左右，此时应观察三个月，若两个月左右的时间内滤泡囊肿缩小或未增大，那么过一段时间后囊肿便会自行消失，无需手术。但若囊肿继续增大(大于5厘米)就必须手术治疗了。因此，发现后应进一步定期复检，明确是功能性还是肿瘤性的，以采取不同的治疗方法，不要盲目采取手术。
卵巢囊肿要看肿瘤的大小数目来确定治疗方案。治疗方案不同，治疗的时间也不同。卵巢囊肿是需要手术的，一般需要住院10天左右。术后要注意多休息，保持情绪的稳定，心情愉悦。
可采用超声介入治疗囊肿，这是一种非主流手术方式，手术微创，治疗时间短（10-20分钟），不住院，随治随走。超声引导下做卵巢囊肿穿刺，抽吸囊液，囊液抽尽后，注入硬化药物，保留10分钟后抽出，这样就可将分泌囊液的细胞全部凝固，不再产生囊液，囊腔闭合。
做卵巢囊肿手术一般需要半个月左右恢复，这个也算是小手术，现在通过宫腔镜做手术，恢复很快。手术伤口比较小，愈合的快，特别是体型，不胖的人恢复的更快。术后注意休息，不要过度劳累。