做，巧克力囊肿的初步诊断，主要是根据B超检查结果来判断。要结合临床病史综合性的分析，这种病人常常伴有痛经的情况，并且呈持续性加重的状态。巧克力囊肿大约有40%-50%的病人，在临床上会有不孕不育的病史。所以，除了做B超检查，还要结合病史综合性的分析。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
巧克力囊肿穿刺后是要做手术标本检查的，在术后要避免着凉感冒，要注意自身的保暖，调整自己的情绪，保持一个乐观开朗的心态，可以使生体的免疫力也正常，要禁止所有的剧烈运动以及重体力的工作，饮食吃些容易消化和吸收的食物，食用适量的水果和蔬菜以提高自身的抵抗力，不要食用容易胀气的食物。
卵巢囊肿手术一个月月经干净后要去医院复查，主要是做妇科B超检查，看看术后卵巢恢复情况，且卵巢囊肿有可能复发，今后每半年~一年也要复查妇科B超，看看子宫附件情况。
B超发现卵巢囊肿，一定要医生当时明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的，b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。因为子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
巧克力囊肿属于子宫内膜卵巢异位症的一种，所以属于妇科的诊疗范畴。卵巢巧克力囊肿又称卵巢内膜异位囊肿，是子宫内膜异位到卵巢而导致的一种病症，主要与内分泌失衡有关。另外女性免疫能力低下，抵抗力很低，疏于身体锻炼，导致抗疾病的能力较弱，房事过频等，也都是导致女性卵巢巧克力囊肿的原因。