巧克力囊肿的病人一经诊断，建议尽快手术治疗。手术治疗之后可以考虑应用药物治疗，对于预防短期内复发可能有一定的帮助作用。还可以选用激素药，对于预防巧克力囊肿术后短期复发也是有帮助作用的。
巧克力囊肿治疗方法，电灼治疗：通过电灼来切除子宫内膜的异位病灶。局部治疗：可以缓解巧克力囊肿带来的痛经、不孕、包块以及盆腔结节。手术治疗：又分为保守性手术和半保守性手术，保守性手术可以保留子宫生育能力，清除或破坏病灶半保守性手术，控制疼痛，保留卵巢功能。经腹腔镜治疗：如果使用传统的中西医结合方法效果不明显，手术不易切除病灶的，可以通过腹腔镜手术来治疗。
巧克力囊肿不复发主要有两种办法。第一种办法就是做手术，将病灶全部切除。这种办法几乎是不可行的，因为手术将巧克力囊肿切除的太彻底，容易对卵巢造成太大的破坏，引起卵巢的衰退。第二，人工闭经。在临床当中主要是选用激素类药物，比如米非司酮或者是醋酸亮丙瑞林等药物。
尽快怀孕，怀孕后对巧囊有一定的治疗作用，可以彩超监测卵泡，在医生指导下同房，同房后抬高臀部，以提高受孕的几率。经期避免剧烈运动，避免受凉，避免熬夜，注意经期卫生，少吃辛辣油腻生冷刺激的食物。
女性病人有巧克力囊肿，经常出现痛经。可以治好病后再备孕。囊肿较小可以采取保守治疗的方式，常用药物治疗，如果药物治疗不是很理想，可以手术治疗比较好一些。治疗期间注意放松精神，多注意休息。不要熬夜，注意局部的卫生。
