遗传因素为最主要的因素，与胚胎染色体异常有关。父母的年龄较大为胎儿停育的主要危险因素之一。孕妇子宫畸形、盆腔感染、患免疫相关疾病，也是主要的危险因素之一，既往自然流产史、不孕及辅助生殖、孕期药物使用、孕期吸烟，经常饮用含有咖啡因或酒精类饮料、肥胖、甲状腺功能不全等也是危险因素，可引起胎儿停育的发生。
胚胎停育是因为一些生活的恶习而引起的，不改掉这些恶习，就算治疗以后，还是会复发的。胚胎停育是因为一些生活的恶习而引起的，不改掉这些恶习，胎停育一般是发生在孕早期，受精卵的质量不好就会出现停止继续生长。
早期胚胎停育原是由于胚胎染色体异常。当存在胚胎停育的主要危险因素，包括胎儿父母的年龄较大，孕妇子宫畸形，盆腔感染与免疫病，弱危险因素包括既往自然流产史，不孕及辅助生殖，孕期药物使用，孕期咖啡因/吸烟/酒精暴露，肥胖，甲状腺功能不全等可能发生。
胎停育一般是因为染色体异常引起的，也可能是母体子宫有畸形或是因为夫妻之间年纪比较大怀孕的。在怀孕之前或者怀孕初期有接触化学物质，放射线，有毒的物质等。怀孕期间少吃辛辣油腻生冷刺激的食物，注意性生活卫生，注意个人卫生，勤换内裤，纯棉质地，开水烫洗，太阳暴晒。
影响胚胎停育可能是精子染色体畸变或精子核不成熟，均可导致胚胎发育异常或终止，是造成女性流产的最常见的男方因素。也可能是黄体功能不良，黄体功能不全可造成子宫内膜发育迟缓和黄体期短，从而影响受精卵的种植，或早期妊娠流产。
胚胎停育的原因主要有四个方面。生殖内心泌方面，因为胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，分别是雌激素，孕激素，绒毛膜促性腺激素，如果母体自身的内源性激素不够，就满足不了胚胎的需要，就会造成胚胎的停育；生殖免疫的问题，如果自身有某种抗体，就会抵制胚胎的发育等。