胚胎停育的原因主要有四个方面。生殖内心泌方面，因为胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，分别是雌激素，孕激素，绒毛膜促性腺激素，如果母体自身的内源性激素不够，就满足不了胚胎的需要，就会造成胚胎的停育；生殖免疫的问题，如果自身有某种抗体，就会抵制胚胎的发育等。
胚胎停育是因为一些生活的恶习而引起的，不改掉这些恶习，就算治疗以后，还是会复发的。胚胎停育是因为一些生活的恶习而引起的，不改掉这些恶习，胎停育一般是发生在孕早期，受精卵的质量不好就会出现停止继续生长。
早期胚胎停育原是由于胚胎染色体异常。当存在胚胎停育的主要危险因素，包括胎儿父母的年龄较大，孕妇子宫畸形，盆腔感染与免疫病，弱危险因素包括既往自然流产史，不孕及辅助生殖，孕期药物使用，孕期咖啡因/吸烟/酒精暴露，肥胖，甲状腺功能不全等可能发生。
胎儿停育的检查分为男性和女性。男性需要检查染色体，精子质量，精子形态，支原体衣原体，淋球菌。女性需要检查染色体，基本激素，甲状腺功能，催乳素，触觉等。由于医疗发展有限，四分之一的仍无法找到原因。
影响胚胎停育可能是精子染色体畸变或精子核不成熟，均可导致胚胎发育异常或终止，是造成女性流产的最常见的男方因素。也可能是黄体功能不良，黄体功能不全可造成子宫内膜发育迟缓和黄体期短，从而影响受精卵的种植，或早期妊娠流产。
胚胎染色体异常，如果父母一方染色体异常，胎儿染色体就可能出现异常，导致流产：染色体缺失，重叠，倒位以及平衡易位等，但这并不代表着夫妻双方染色体正常，胚胎染色体就一定没有问题。