巧克力囊肿可以选用中药治疗，中医治疗疾病是目前临床上较为常用的一类方法，因其副作用较小而受到广大病人朋友一致的看好，并且服药方便，不伤损，不住院，痛苦风险小，不影响工作生活。
巧克力囊肿手术的复发率较高，因囊肿与周围组织粘连紧密，手术中囊肿一旦破裂，囊液外流，到其它部位种植，引起复发。如果以后有复发，就不要再采取手术治疗，其实现在巧克力囊肿囊肿的治疗应该首选介入治疗，因此种方法治疗巧克力囊肿明显高于手术，且不会造成复发，是治疗巧克力囊肿方法，手术后没什么药物治疗措施，目前只能先观察，如果有复发，再考虑采取何种治疗方法。
巧克力囊肿能彻底治疗好吗：用一些药物进行治疗，出现痛经，考虑跟巧克力囊肿有关系，是在医生指导下用一些药物进行调理，具体能否治疗，完全治疗，现在还不能确定。是在医生指导下进行调理，平时在生活方面也要注意多喝水，多吃青菜，少吃生冷辛辣的食物，注意腹部的保暖，三餐要规律，定期做好复查。
巧克力囊肿可以采用药物治疗和手术治疗两种方式治疗，治疗时一般要根据年龄、对生育的要求、囊肿的大小、病情的轻重来决定是采用药物治疗还是手术治疗，保守性的治疗主要是保留卵巢功能的治疗。
以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。治疗时需要去正规大医院。
巧克力囊肿是可以治疗的，但是也会复发；在女性来月经时未流净残留物，积血淤堵，时间长久堆积就会形成的巧克力囊肿，一般都是良性病变。治疗方法可以进行手术治疗，注意手术后复查。养成良好的生活习惯，戒烟戒酒，注意妇科卫生，勤换内裤，穿棉质的内裤。