治疗方法主要采用药物、手术治疗、激素疗法。中医可以通过中药调理，帮助卵巢恢复正常的排卵，达到正常的受孕。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，治疗期间饮食要清淡，不要吃辛辣刺激食物。
巧克力囊肿手术的复发率较高，因囊肿与周围组织粘连紧密，手术中囊肿一旦破裂，囊液外流，到其它部位种植，引起复发。如果以后有复发，就不要再采取手术治疗，其实现在巧克力囊肿囊肿的治疗应该首选介入治疗，因此种方法治疗巧克力囊肿明显高于手术，且不会造成复发，是治疗巧克力囊肿方法，手术后没什么药物治疗措施，目前只能先观察，如果有复发，再考虑采取何种治疗方法。
早期的巧克力囊肿一般采取保守的治疗，但是手术治疗能够达到治疗的目的，先试着保守治疗，看看病情能否控制，非常注意个人卫生，月经期间防止经血逆流，慎服避孕药。建议中药调理一段时间，注意均衡营养，观察排卵情况再要孩子。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现形式，只不过子宫内膜在卵巢内增生形成了囊肿。热潮巧克力囊肿长到一定程度取消做手术治疗的没有其他的办法，也可以进行药物性闭经长月经到来卵巢囊肿可能就缩小。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型。其中，卵巢巧克力囊肿又占80％左右。卵巢巧克力囊肿病变可只累及一侧卵巢，但约有50％以上的病人会累及双侧卵巢。随着病情的发展，病人可出现痛经、持续性下腹疼痛、月经失调、不孕和性交痛等病症。
巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。