轻微巧克力囊肿治疗要看囊肿大小，病人症状，是否有生育要求来决定治疗方案。治疗目的是剔除囊肿，减轻和控制疼痛，改善生育，减少复发。治疗方法有期待治疗，手术治疗，药物治疗和怀孕。对于巧克力囊肿小于3cm的病人，可进行期待治疗。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，应该来说去当地医院检查下，在医生的嘱托下，进行积极治疗，服药期间不吃辛辣刺激的食物，平时多喝水，温水清洗外阴，保持局部清洁，内裤开水消毒，不要有性生活。
可采用药物或（和）手术治疗。术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病妥当的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。
可以采用手术的治疗方法，对于散在的比较小的宫颈腺囊肿一般不需治疗，只要每年检查即可。对于密集的较小的纳氏囊肿或比较大的囊肿，可考虑光疗、激光、微波、自凝刀等物理治疗。对于较大的突出于宫颈表面的，可考虑电刀切除治疗。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一类，卵巢巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。当囊腔内积血过多、压力过高时，可撑破囊壁薄弱部卵巢巧克力囊肿分，发生囊肿自发性破裂，囊内流出部分积血，压力降低后，囊壁破口常可自行复合。确诊为巧克力囊肿，一定要及时治疗。以免错过治疗时机。
轻微巧克力囊肿可以采用药物或手术治疗。对药物积极治疗并结合密切随访复查，注意卵巢囊肿的性质变化，再采取相应的对策。症状轻或无症状的轻微病变选用期待治疗。巧克力囊肿不宜吃蜂蜜、桂圆、红枣等属于热性、凝血性和含激素成分的食物。饮食上宜清淡，饮食应富含足够的营养，纠正偏食及不正常的饮食习惯。
