可能是由于宫缩情况不好或者是宫腔有残留物导致的，导致药流不干净的原因有很多，可能是由于身体对药物不敏感，流产药物对于身体的吸收不起作用，及时做B超检查，明确了解情况。
月经不干净的主要原因，而且最常见的原因就是由于雌激素不足，使子宫内膜修复较慢，引起月经不干净。注意大便、小便及汗腺都要保持通畅，将身体排出的所有废物及毒素都可以排泄出来。一定要注意补充水量，重视防治便秘等，该出汗就要出汗。
药物流产不干净的时候会表现为出血时间比较长，正常的时间为7-10天左右，如果超过10天会造成存在长时间的出血，并且也会存在褐色分泌物和淋漓不断的出血。因为药物流产不干净的时候HCG没有办法恢复到正常，这种时候有一部分的女性会出现有早孕反应的情况，比如恶心或者呕吐。
药物流产流不干净的症状，首先是阴道出血不止，药物流产流血两周左右就会停止。但是如果女性药物流产之后超过两周流血不止，流血的颜色比较鲜艳，淋漓不尽，可能是药流没有流干净，这时需要到医院进行相关的超声波检查。
药流不干净是会对今后的生育造成影响的。药物流产有可能会出现流不干净或者是大出血情况的，如果药物流产没有干净的话，是需要及时进行清宫治疗的，残留在体内时间越长对你身体伤害越大的，规律服用药物，服用药物之后密切观察身体变化情况。
药物流产有残留问题，一是因为胎囊太大，不能干净地消除，二是如果孕周太长，也会导致残留。此外，如果怀孕前子宫腔有子宫内膜炎等问题，也是药物流产后期残留的一个因素。简而言之，是由多种原因造成的。此外，如果药物剂量不足，也会有残留。只要确认的残留物通过刮除术处理。