多囊卵巢囊肿可以手术治疗，如果囊肿比较小而且是良性的，一般不需要治疗也可以的，如果囊肿较大就可以手术，同时也要注意术后的保养，保持外阴清洁预防感染，少吃辛辣刺激性食物。
引起卵巢囊肿的原因主要以下几个因素：遗传因素，20%～25%有家族史；内分泌因素，临床上很多基本病理生理改变是卵巢产生过多雄激素，而雄激素的过量产生是由于体内多种内分泌系统功能异常协同作用的结果；此外还有生活方式因素以及环境因素。
多囊卵巢和卵巢囊肿相比，多囊卵巢更为严重。是因为多囊卵巢属于内分泌疾病，常常是由于遗传因素和环境因素相互作用导致的，由于卵泡不能正常生长发育和排出，因此就会导致女性出现月经失调、面部痤疮，甚至肥胖等其他并发症，还可能影响女性的生育功能。卵巢囊肿可能是生理性囊肿，也可能是普通的卵巢囊肿，或者是子宫内膜异位症导致的卵巢巧克力囊肿这些疾病通过手术治疗以后往往都可以治愈，而且不容易影响女性正常受孕。
如果比较严重是会对受孕造成困难的，但是如果病情不是特别严重，有发育成熟的卵泡也是可以自然受孕的，多囊卵巢综合症是由于体内激素水平异常造成的卵子多，但是没有发育成熟的卵泡，有可能还会出现多毛痤疮，月经不调，身体肥胖等情况的。
多囊卵巢囊肿可以是生理性的（即是正常的随生理周期的变化可以自然消失的）或病理性的（由于疾病而形成的囊肿），生理性的囊肿无需手术，而病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。
多囊卵巢的病人出现排卵功能障碍，但是也有多囊卵巢的病人会出现稀发排卵，所以如果在排卵期的时候，有性生活就可能会怀孕。如果多囊卵巢的病人怀孕是一件好事，跟其他孕妇一样一定要注意休息，加强营养，怀孕前3个月不可以有性生活，并且抽血检查血hCg和孕酮的情况在停经50天左右，建议做B超检查，确定宫内怀孕，并且根据B超检查结果来判断怀孕的天数跟停经天数是否相符，以便计算预产期。