巧克力囊肿的分类有多种，可以分为功能性囊肿、卵巢囊肿、浆液性上皮囊肿及黏液性上皮囊肿、出血性囊肿，有时候出血性囊肿会合并腹腔内出血，还有子宫内膜样瘤、畸胎瘤、卵巢癌、子宫内膜异位瘤这些分类。
巧克力囊肿（子宫内膜异位瘤）是指子宫内膜异位症长在卵巢内，在卵巢内形成大量黏稠咖啡色像巧克力状的液体。这是卵巢囊肿的种类之一。除此之外还有功能性囊肿也称为生理性囊肿，这类囊肿在生殖年龄的女性当中相当普遍。浆液性上皮囊肿及黏液性上皮囊肿，出血性囊肿年轻女性常见的妇科疾病之一，大部分的情况下出血性卵巢囊肿会复原，因此可以先行观察，不一定需要药物或手术治疗。
女性的普通卵巢囊肿多是女性内分泌紊乱引起的一种疾病，常分为生理性和病理性的，如果是生理性的就无需治疗如果是病理性的就一定要积极的治疗。巧克力囊肿的女性最常见的症状且有痛经的表现。
巧克力囊肿的类型有，高雄激素血症，稀发排卵和B超提示多囊卵巢，高雄激素血症，稀发排卵，但B超提示卵巢正常，高雄激素血症，B超提示卵巢多囊，稀发排卵，B超提示多囊卵巢，但无高雄激素血症。
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢形成的，是没有什么分类的，随着月经来潮，囊肿会越来越大，主要表现为经期腹痛。巧克力囊肿容易引起盆腔粘连，输卵管粘连，甚至影响怀孕。
||型巧囊可能是种植于卵巢表面的异位灶侵犯到原已存在的功能性囊肿如黄体囊肿等形成的。这种巧囊通常较大，囊壁也比较清楚，剥离起来比较容易；|型巧囊（通常小于2cm）是由逆流的经血碎片种植于卵巢表面形成的，很象腹膜上的病灶。这种小巧囊通常没有明显的囊壁，反而不容易剥除。
